Dichas muestras se procesan según un protocolo universalmente aceptado para obtener un bloque de parafina del que se hacen cortes tan finos (transparentes) que pueden teñirse de diversas formas para, a continuación, observarlos en el microscopio.
Esto permite describir su forma y composición en un informe médico y ofreccer un diagnóstico.
Del mismo modo, los especialistas en anatomía patológica son los médicos responsables de analizar y examinar el tejido obtenido durante o después de la cirugía. Para ello, en algunas ocasiones, están presentes en quirófano con la misión de analizar el área extraída durante la misma cirugía con el objetivo de verificar si la distancia a los márgenes es adecuada y están libres de enfermedad o realizar el estudio intraoperatorio durante la intervención quirúrgica del Ganglio Centinela, con el fin de aplicar el tratamiento quirúrgico más adecuado en cada caso y, al mismo tiempo, minimizar la posibilidad de reintervenciones.